Pokud při nařízené karanténě zaměstnanec dodrží všechna stanovená omezení a jeho zdravotní stav ani povaha vykonávané práce tomu nebrání, je možné, aby se zaměstnavatelem dohodl na výkonu práce z jiného místa, než je pracoviště zaměstnavatele (zpravidla „z domova“ – tzv. homeworking). V takovém případě platí, že náleží-li zaměstnanci za vykonanou práci mzda/plat, nenáleží mu za dobu výkonu práce v době prvních 14 dnů karantény výplata náhrady mzdy/platu podle § 192 zákoníku práce, popřípadě od 15. dne jejího trvání nepřísluší výplata nemocenského (viz § 16 zákona o nemocenském pojištění).
Zaměstnavatel nemůže nařídit zaměstnanci čerpání dovolené na dobu karantény, ledaže o to zaměstnanec požádá. Pokud zaměstnanec začal čerpat dovolenou před tím, než mu byla nařízena karanténa, nařízením karantény se dovolená nepřerušuje (viz § 219 odst. 1 zákoníku práce, kde mezi důvody, pro které se dovolená přerušuje, karanténa není uvedena).